Vers le symbolisme

Schuffenecker participe en 1884 à la fondation du Salon des Indépendants avec Signac, Seurat et Redon, et figure à la dernière exposition des impressionnistes en 1886.
En 1889, il organise et participe à l’exposition du « Groupe Impressionniste et Synthétiste » avec Gauguin et Émile Bernard au Café Volpini, dans l’enceinte même de l’exposition universelle qui n’avait pas accepté de les exposer officiellement. Le groupe tient, par cette appellation, à se dissocier du naturalisme et de l’impressionnisme, jugés trop analytiques, et prône une vision de synthèse qui, par l’élimination des détails, est sensée permettre de faire ressortir l’essence profonde des choses.
En 1892, Schuffenecker s’associe au mouvement « Rose+Croix » puis adhère à la doctrine théosophique. Il expose aux premières expositions des « Peintres Impressionnistes et Symbolistes » en 1891 et 1892, puis à la première exposition du Groupe Ésotérique en 1900. Dès lors, il utilise davantage la technique du pastel pour réaliser des paysages étranges, peuplés de mystérieuses figures féminines voilées, prêtresses ou éternelles errantes.
Dépressif et mystique, il s’isole de plus en plus, tout en continuant à exposer quelques œuvres au Salon des Indépendants jusqu’à sa mort en 1934.